1960年，贝聿铭离开柴根道夫，自立门户。他在纽约、费城、克利夫兰和芝加哥等地设计了许多既有建筑美感又经济实用的大众化的公寓。他在费城设计的三层社会公寓就很受工薪阶层的欢迎。费城莱斯大学在1963年颁赠他“人民建筑师”的光荣称号。同年，美国建筑学会向他颁发了纽约荣誉奖。

　　1979年落成的肯尼迪图书馆，由于设计新颖、造型大胆、在美国建筑界引起轰动，被公认是美国建筑史上最佳杰作之一。

　　1979年，中国政府邀请贝聿铭设计香山饭店。贝聿铭根据自己的一贯想法———“越是民族的，越是世界的”，不辞劳苦地走访了北京、南京、扬州、苏州、承德等地，寻找灵感，搜集素材，最后采取了建筑一系列不规则院落的布局方式，使香山饭店与周围的水光山色，参天古树融为一体，成为具有浓郁中国风格的建筑。香山饭店的规模不算大，但“体现出中国民族建筑艺术的精华”。

　　晚年的贝聿铭仍然接收了多个项目，例如卢浮宫玻璃金字塔、中银大厦、苏州博物馆和伊斯兰艺术博物馆。

　　1980年，法国总统密特朗邀请贝聿铭翻修卢浮宫，贝聿铭认为设计的东馆只跟其相差40年，但卢浮宫有着800年的历史，卢浮宫玻璃金字塔的设计对于贝聿铭来说是一个很大的挑战。

　　1983年，卢浮宫有7个部分，每个部分都是独立的。因为相互竞争着空间和资金，每个部门的馆长甚至不相往来。因此在重修时，贝聿铭建筑团队努力让7个部分统一成一个建筑物。

　　贝聿铭不知道密特朗总统有无意识到这个挑战的严峻性。但贝聿铭团队最终让它们在建筑上统一成了整体。

　　从1990年开始，贝聿铭不那么在乎建筑物的造型了。设计一个独特的建筑造型对贝聿铭不再是件难事。贝聿铭开始研究各种文明。这也为苏州博物馆以及伊斯兰艺术博物馆的设计做好了准备。

　　21世纪到来后，贝聿铭再次回到中国。苏州博物馆作为封山之作，他将自己多年积累的建筑智慧结合东方的传统美学以及对家乡的情感全部融汇在这座建筑里，创造出了独具魅力的视觉之美。博物馆新馆的设计结合了传统的苏州建筑风格，把博物馆置于院落之间，使建筑物与其周围环境相协调。

　　2009年，贝聿铭还参与了伊斯兰艺术博物馆的设计。贝聿铭去了埃及和中东的其他国家寻找的伊斯兰教文化的最佳表达，他发现无论是叙利亚大马士革的伊斯兰建筑物，还是土耳其的建筑物，都有着其他宗教的痕迹，不再是纯粹的伊斯兰表达方式。

　　在开罗贝聿铭在图伦清真寺得到了启示，图伦清真寺对他的作品的影响最大：用于洗礼的喷泉外有三条双层的走廊;主体建筑的外延式几何图形的演进，从八角形到四边形再到圆形。贝聿铭最终掌握了伊斯兰文化的精华，从而完成了伊斯兰艺术博物馆的设计。

　　2015年，贝聿铭在纽约曼哈顿住所内，被一名家庭健康护理员袭击。之后贝聿铭被送到医院，在接受治疗后已顺利出院。