而1997年11月7日发生的案件直接导致了他被缉拿归案。1997年11月28日出版的《云南法制报》用整版对案件进行了报道，这篇署名为“蚁蜂”的报道题目是《掩盖不住的罪恶——昆明警方摧毁孙小果流氓恶势力团伙》，文中配有4张受害人照片，文末标明“照片由昆明市公安刑侦支队提供”。

　　此文记载：11月6日，16岁的张某甲与男友汪某某在一家小酒吧喝酒聊天，张某甲对汪某某说：“有个叫孙小果的人一直在找我，他要打我!”汪某某没有听说过孙小果，于是对张某甲说：“你怕他干什么?我来帮你摆平，告诉我他在哪里!”这本是他在女友面前表现自己，但张某甲却当了真，随即拨通了孙小果的手机，汪某某对孙小果说：“听说你自称是昆明市的老大，你敢和我玩真的吗?”

　　双方随即互报姓名、约定地点，但张某甲紧接着对汪某某说出了孙小果以往的劣迹。汪某某感到恐惧，两腿不由自主地打颤，他借口喝多了，单方面取消了和孙小果的约架。但是孙小果没有食言，来到约定地点后，没有找到汪某某，感觉自己被愚弄了，暴怒异常。

　　11月7日，孙小果开始召集手下马仔，命令哪怕掘地三尺也要将张某甲和汪某某找到。经过搜查，孙小果和同伙在昆明某宾馆内找到了张某甲的表姐张某乙和她的朋友杨某某。

　　此时，孙小果已是气急败坏，于是将张某乙和杨某某带到了夜总会包房内，逼她们说出张某甲和汪某某的下落，无辜的张某乙和杨某某说不知道，于是惨遭孙小果及其同伙毒打。“干公安工作这么多年，我还从未遇见过如此残暴的刑事案件!”时任昆明市公安局刑侦大队教导员表达了震惊。

　　为了让两名少女“如实招供”，孙小果和同伙开始给她们上苦刑。他们将张某乙的左右手架起，朝她的胸腹部轮番猛击，就像是在练拳击和跆拳道，直至张某乙被打晕过去。

　　孙小果还让同伙买来竹筷和牙签，用交叉起来的筷子夹张某乙的手指，用烟头烙烫张某乙的手臂，用牙签刺穿张某乙的乳房，还让她咬住大理石茶几并用肘猛击张某乙的后脑勺，致使她牙齿脱落……张某乙最终被法医鉴定为重伤。

　　孙小果在10日晚间被刑警抓捕归案，12日被刑事拘留，22日被逮捕。《云南法制报》刊文时还配发了短评《依法治国首先是依法治人》。

　　文中写道：“应该看到，这股邪恶的势力，这些十恶不赦的团伙，其头面人物往往自以为有‘保护伞’庇护，虽作恶多端，罪行累累，却能逍遥于法网之外，‘严打’不及其身。”

　　1998年2月18日，昆明市中级人民法院经审理，判处孙小果强奸罪、强制侮辱妇女罪、故意伤害罪、寻衅滋事罪，加原因强奸罪所判余刑，数罪并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身。一审判决后，孙小果不服，提出上诉。云南省高级人民法院经审理，依法驳回上诉，维持原判。